اظهارات و نامه های آتشین یوسف القرضاوی بحثو جدل زیادی در مصر و جهان عرب به راه انداخته چرا که حاوی مشتی اهانت به موسسه الازهر است و این امر از دیدگاه ناظران از پدر معنوی گروه اخوان المسلمین عجیب به نظر نمی رسد.
الازهر خبر استعفای یوسف القرضاوی رئیس هیئت علمای مسلمان را تکذیب کرد و برخی منابع در داخل هیئت الازهر گفتند: پیام استعفای فرضی یوسف القرضاوی بیشتر از آنکه مشتی اهانت به الازهر باشد؛ اقدامی برای سنجش واکنش ها بود. عباس شومان قائم مقام الازهر این مسئله را که یوسف القرضاوی استعفای رسمی خود از عضویت در هیئت علمای بزرگ تقدیم کرده است، رد کرد و گفت: چیزی تاکنون نرسیده است. شومان در گفتگوی تلفنی با برنامه صوت الناس شبکه تلویزیونی المحور ۲ اظهار داشت: هیئت الازهر به مطالب منتشر شده در شبکه های اجتماعی مثل فیسبوک و توییتر در اینترنت توجهی نمی کند تا اینکه سندی رسمی بدست ما برسد. وقتی چیزی رسمی رسید، بررسی خواهد شد. وی گفت: تعدادی از اعضا از احمد الطیب شیخ الازهر خواسته بودند که جلسه ای فوق العاده را برای برکناری القرضاوی و نه استعفای وی برگزار کند که شیخ الازهر با آن مخالفت کرده بود. مطبوعات نامه ای را به یوسف القرضاوی نسبت دادند که وی در این نامه استعفای خود را به دلیل مواضع شیخ الازهر درقبال تحولات مصر اعلام کرده است. در این نامه آمده است: من یوسف عبدالله القرضاوی استعفای خود را از هیئت علمای بزرگ را به ملت عظیم مصر و نه شیخ الازهر تقدیم می کنم و روزی آزادی به ملت بازمی گردد و امور به اهلش سپرده می شود و علمای ملت باید شیخ خود وهیئت علمای بزرگ خود را با اراده و خواست آزاد و مستقل خودشان برگزینند. بی شک رابطه یوسف القرضاوی دارای تابعیت قطر با الازهر به علت عضویت وی در گروه اخوان المسلمین به شدت تیره شده است. باوجود فارغ التحصیل شدن القرضاوی از دانشگاه الازهر در سال ۱۹۵۳ میلادی اما وی تنها بعد از ۵۹ سال توانست در مسجد الازهر سخنرانی کند. القرضاوی به کشور ولی نعمتش یعنی قطر رفت و بعد از مستقر شدن در آنجا تابعیت قطری گرفت و در سال ۱۹۷۷ میلادی دانشکده شریعت و مطالعات اسلامی را در دانشگاه قطر تاسیس کرد و تا اواخر سال ۱۹۹۰ میلادی رئیس دانشکده بود و مدیر مرکز تحقیقات اهل سنت و سیره نبوی در این دانشگاه شد که همچنان تا امروز مدیریت آن را برعهده دارد. در طول سالهای طولانی، یوسف القرضاوی انتقادهای شدیدی را به تعدادی از شیوخ الازهر وارد کرد که بارزترین آنها محمد سید طنطاوی شیخ سابق الازهر بود زیرا وی فتوی داده بود که " قتل غیرنظامیان در هیچ کشوری یا سرزمینی جایز نیست ". یوسف القرضاوی این فتوی را نپسندید. فتواهای یوسف القرضاوی بویژه در برهه اخیر به گونه ای بوده است که قتل و کشتن را چنانچه به نفع اهداف گروه اخوان المسلمین(در سوریه و لیبی) باشد، توجیه می کند. فقط باید اشاره کرد که رابطه القرضاوی با احمد الطیب شیخ الازهر با تحولات و تغییرات سیاسی اخیر مصر تیره تر شد چرا که القرضاوی اقدام ارتش مصر در عزل محمد مرسی رئیس جمهور و از اعضای گروه اخوان المسلمین از قدرت در ۳۰ ژوئن را انقلاب ندانست بلکه کودتا علیه دولت توصیف کرد. عبدالله النجار عضو مجمع تحقیقات اسلامی گفت: اگر القرضاوی استعفای خود را تقدیم کرده باشد، این استعفا هیچ ارزشی ندارد زیرا وی در بین علما فردی بی دقت است و مصری ها و الازهر از او متنفر هستند و این کارهای آکروباتیک ارزشی ندارد و به استعفای او اهمیتی نمی دهیم و دوست نداریم ریخت او را در مصر یا الازهر ببنیم. النجار در اشاره به القرضاوی افزود: مردی عاشق خودنمایی است و می خواهد ملت پشتش حرکت کنند و وی از این امر لذت می برد و القرضاوی پیش از اینکه هیئت علمای بزرگ مسلمان او را کنار بگذارد در اقدامی پیش دستانه استعفا کرده است و میهن پرستی القرضاوی بین مصر و قطر در نوسان است.