۲۴سپتامبر(۲ مهر) زمانی که گروه‌های مسلح وابسته به ارتش به اصطلاح آزاد سوریه به گروه‌های نزدیک به القاعده پیوستند و با انتشار بیانیه‌ای همراه با ۱۲ گروه دیگر، رهبری سیاسی گروه موسوم به ائتلاف ملی سوریه را رد کردند، این ائتلاف ِ مورد حمایت غرب با شکستی سنگین روبرو شد.
گروه‌های مسلح ِ جدا شده می‌گویند که دولت سوریه را سرنگون و حکومتی شبه طالبانی در سوریه برقرار کنند. در این بیانیه، با اشاره به «شورای عالی نظامی» آمده است: «هیچ کدام از گروه‌های تشکیل شده در خارج که به کشور باز نگشته‌اند، نماینده ما نیستند. " ائتلاف ملی " و دولت موقت آن به رهبری احمد طعمه نماینده ما نیستند و به رسمیت شناخته نخواهند شد.» در ادامه این بیانیه آمده است، هرگونه دولت آتی در سوریه باید توسط کسانی تشکیل شود که «سختی کشیده‌اند و دست به فداکاری و ایثار زده‌اند»؛ که این سخن نیز اشاره‌ای آشکار و روشن به «ائتلاف ملی سوریه» است؛ ائتلافی که توسط افراد تبعیدی و تحت حمایت ترکیه، قطر و عربستان سعودی تشکیل شده است. یکی از گروه‌های امضاکننده این بیانیه، جبهه النصره، یکی از دو گروه اصلی وابسته به القاعده در سوریه بود؛ گروهی که از سوی امریکا سازمانی تروریستی اعلام شده است. سه گروه عمده شبه نظامی نیز که پیشتر به «شورای عالی نظامی» ِ ارتش آزاد وفادار بودند، این بیانیه را امضا کرده‌اند. این گروه‌ها که مهم‌ترین یگان‌های مسلح ارتش به اصطلاح آزاد قلمداد می‌شدند، شامل لواء التوحید، لواء لاسلام و صقور الشام می‌شوند. عبدالعزیز سلامه، رهبر لواء التوحید این بیانیه را طی یک پیام ویدیویی که در اینترنت منتشر شد، قرائت کرد. وی از «شکست فاجعه بار» ائتلاف به اصطلاح ملی سوریه و شاخه نظامی آن یعنی «شورای عالی نظامی ارتش آزاد» سخن گفت. از سوی دیگر، احمد جبرا جدیدترین رهبر «ائتلاف ملی سوریه» با خشم این بیانیه را محکوم کرد و گفت، شورشیانی که از وی حمایت نمی‌کنند، در حال توطئه چینی به منظور «دزدیدن انقلاب» هستند. وی حتی ادعا کرد که دولت اسد حامی گروه‌های شورشی است که از «ائتلاف ملی سوریه» حمایت نمی‌کنند. این بیانیه در حالی منتشر شده است که «شورای ملی سوریه» از پیش بابت تصویب قطعنامه سازمان ملل جهت انهدام تسلیحات شیمیایی این کشور دلسرد و منزوی شده بود. سمیر نشار، از اعضای عالی این ائتلاف گفت، «قطعنامه شورای امنیت(سازمان ملل) ما را ناامید کرده است. این قطعنامه در راستای منافع ِ اکثر قدرت‌های منطقه و جهان از جمله رژیم سوریه است اما تحت هیچ شرایطی به نفع مخالفان دولت سوریه نیست.» شورای به اصطلاح ملی سوریه از امریکا خواسته بود که به سوریه حمله کند.ضربه مرگبار به «ائتلاف ملی سوریه»روزنامه انگلیسی ایندیپندنت طی گزارشی نوشت، بیانیه ۱۳ گروه شبه نظامی می‌تواند «ضربه‌ای مرگبار» به ائتلاف باشد و در ادامه به نقل از چارلز لیستر، عضو شرکت نظامی آی‌اچ‌اس جین(IHS Jane) گزارش داد: «بازیگران اصلی یعنی لواء التوحید، لواء الاسلام و صقور الشام نهایتا روشن ساختند که به چه طرفی وفادار هستند و این تبعات زیادی برای مخالفان میانه رو خواهد داشت.» جوشوا لندیس، مدیر مرکز مطالعات خاور میانه در دانشگاه اوکلاهما، می‌گوید: «این‌ها بازیگران کلیدی ارتش آزاد سوریه بودند و اکنون در کنار النصره ایستاده و با آنها پیمان می‌بندند.» همچنین روزنامه مک‌کلچی(McClatchy) در توصیف این بیانیه نوشت، این «تحولی است که تلاش‌های دولت اوباما برای تقویت مخالفان میانه رو را کمرنگ می‌کند.» اضمحلال و سقوط «ارتش آزاد سوریه» منجر به این شده است که برخی از اعضای این گروه در مورد مبارزه مسلحانه تردید پیدا کنند. به گزارش ایندیپندنت، برخی از مقامات «ارتش آزاد سوریه» یک ماه و نیم پیش به دمشق رفته و با ژنرال علی مملوک، رئیس شورای ملی سوریه دیدار کردند. این مذاکرات به آتش بس محلی و خلع سلاح برخی از یگان‌های «ارتش آزاد سوریه» و همچنین بازگشت اعضای آنها به زندگی عادی و روز مره منجر شد. یک مقام لبنانی گفت، نشست‌های دیگری نیز برای تقویت این فرایند قرار است برگزار شود. همین منبع افزود، بعد از اینکه گروه موسوم به «دولت اسلامی عراق و سوریه»، دومین سازمان بزرگ وابسته به القاعده، تبدیل به قدرتمندترین گروه شورشی سوریه شد و شروع به تهدید بافت اجتماعی این کشور کرد، تغییرات عمده‌ای در سلسله مراتب قدرت بین مخالفان دمشق رخ داد.«دولت اسلامی عراق و سوریه» «ارتش آزاد سوریه» را شکست می‌دهددر واقع، ارتش به اصطلاح آزاد سوریه در جنگ با گروه موسوم به «دولت اسلامی عراق و سوریه» در شمال این کشور در حال شکست خوردن است. این گروه کنترل مناطق بزرگی در مرز سوریه و ترکیه از جمله شهر عزاز را به دست گرفته است. یک فعال ساکن شهر رقه به رویترز گفت: «این نشانه‌ای است مبنی بر اینکه قدرت گروه‌های تندرو همچنان در حال افزایش است. این منطقه می‌تواند به دست تندروها بیافتد. ما شاید شاهد این باشیم که این تبدیل به یک روند معمولی شود.» به گفته لیستر، «ظواهر امر حاکی نشان می‌دهد که راهبرد دولت اسلامی عراق و سوریه این است که مناطق مرزی با ترکیه و عراق را تحت کنترل بگیرد تا جریان ورود نیروهای جدید، تجهیزات و کمک‌های مالی را تسهیل کند.» از سوی دیگر، برخی از یگان‌های شورشی در حال ترک ارتش به اصطلاح آزاد سوریه هستند تا به جبهه النصره یا «دولت اسلامی عراق و سوریه» بپیوندند. دست کم دو یگان شورشی به طور کامل در شهر رقه واقع در شمال شرقی سوریه به جبهه النصره پیوسته‌اند. یکی از این گروه‌ها موسوم به «انقلابیون رقه» جمعا حدود ۷۵۰ نیرو داد. گروه دیگری موسوم به «تیپ پیروزی خدا» در بیانیه‌ای در وبسایت فیسبوک اعلام کرد که تمام رهبران و نیروهای آنها به جبهه النصره ابراز وفاداری کرده‌اند. همچنین تیپ صلاح الدین ۳۱۳ نیز وعده بیعت با «دولت اسلامی عراق و سوریه» را داده است.دخالت عربستان سعودیسقوط ارتش آزاد و قدرت گرفتن گروه‌های وابسته به القاعده نگرانی عربستان را در پی داشته است زیرا این کشور از اینکه کنترل خود روی مخالفان مسلح دمشق را از دست بدهد، به شدت می‌ترسد. بنابراین، دستگاه اطلاعات عربستان به منظور حفظ نفود خود در میان گروه‌های وهابی ِ تکفیری شروع به حمایت از نیرویی جدید کرده است. سازمانی جدید موسوم به «ارتش اسلام» در ماه سپتامبر توسط ۵۰ تیپ نظامی که تحت فرماندهی لواءالاسلام هستند، تشکیل شد. این گروه به طور ویژه ‌در استان دمشق فعال است. زهران علوش ِ وهابی رهبری این گروه را بر عهده دارد؛ فردی که مطالعات مذهبی خود را در عربستان به پایان رسانده و دارای ارتباطات نزدیکی با بندر بن سلطان، رئیس دستگاه اطلاعات این کشور است. بنا بر گزارش روزنامه لبنانی السفیر، گروه شبه نظامی تحت رهبری علوش به دنبال مبارزه با «اشغالگران علوی و حامیان شیعه آنها» است.مخالفان و کنفرانس ژنو شاشنک جوشی، تحلیل‌گر ساکن لندن که بر تحولات سوریه برای نهاد خدمات رویال یونایتد نظارت می‌کند، به نشریه مک‌کلچی گفت: «ائتلاف ملی و ارتش آزاد سوریه در حال منزوی شدن و از دست دادن نفوذ خود هستند و در مقابل، نیروهای تندرو دستاوردهای نظامی و قلمرویی کسب می‌کنند.» جوشی افزود: «تنها سود بالقوه و احتمالی تغییر روند در بین نیروهای شورشی این است که ائتلاف مخالفان دمشق که از هرگونه مذاکره بدون پیش شرط برکناری اسد سر باز زده است، وادار می‌شود در کنفرانس ژنو شرکت کند. این مسئله دست کم یک پیروزی ظاهری برای امریکا و متحدان این کشور محسوب می‌شود. اگر ائتلاف همچنان با گفت‌وگو با چهره‌های رژیم مخالفت کند، این خطر را به جان می‌خرد که از سوی امریکا به عنوان "جنبشی از دست رفته" کنار گذاشته شود.» با وجود این، اتحاد گروه‌های سابقا تحت فرماندهی ارتش به اصطلاح آزاد سوریه با نیروهای القاعده و بیانیه ۱۳ گروه بزرگ شورشی نشان می‌دهد که ارتش آزاد و «ائتلاف ملی سوریه» قدرت چانه زنی و امتیاز گیری خود را در هرگونه کنفرانس صلح احتمالی از دست داده‌اند. حتی اگر کنفرانس ژنو طبق برنامه برگزار شود، تصمیمات «ائتلاف ملی سوریه» توسط مخالفان دمشق در سوریه نه مورد پذیرش قرار خواهد گرفت و نه به رسمیت شناخته خواهد شد؛ به همین دلیل حضور این ائتلاف در کنفرانس تقریبا بی‌فایده است. عدم مشروعیت این ائتلاف و قدرت در حال ظهور گروه‌های وابسته به القاعده به این معناست نتیجه کنفرانس هر چه باشد، جنگ ادامه خواهد داشت. در عین حال، ماهیت تندرو و فرقه گرای بسیاری از گروه‌های وابسته به ارتش به اصطلاح آزاد سوریه حکایت از دروغ‌های امریکا در مورد این گروه دارد. این ادعا که دولت امریکا و متحدانش با حمایت از «ارتش آزاد سوریه» از نیروهای «میانه رو» و نه گروه‌های وابسته به القاعده حمایت می‌کنند، دروغی بیش نیست. مصاحبه گابریل دل گراند خبرنگار ایتالیایی نشریه ال مانیتور (Al Monitor) با اعضای ارتش آزاد در شمال سوریه نشان داد که «بیش از نیمی از نیروهای ارتش آزاد سوریه بر این باورند که در حال جنگ با علوی‌ها و به طور کلی شیعیان هستند و علت آن اتحاد بشار اسد با ایران و حزب الله است.» این دروغ‌ها در مورد ماهیت «میانه‌رو و معتدل» ارتش به اصطلاح آزاد سوریه به این دلیل بیان می‌شوند تا هدف واقعی آشکار نشود؛ تشکیل یک دیکتاتوری وابسته به امریکا در سوریه با هدف مهم‌تر ِ منزوی کردن متحدان اصلی این کشور در منطقه: ایران و روسیه. گروه‌های متعددی که توسط واشنگتن برای پیشبرد این سیاست تشکیل شده‌اند، مانند «ائتلاف ملی سوریه» و شماری از فراریان ارتش این کشور که تحت عنوان «شورای عالی نظامی» شناخته می‌شوند، صرفا طبل‌هایی توخالی هستند. آنها از حمایت مردمی برخوردار نبوده و روی گروه‌های تندرویی که امریکا و متحدانش یعنی ترکیه و عربستان از آنها حمایت مالی و تسلیحاتی می‌کنند، نفوذی واقعی ندارند. این حمایت تسلیحاتی کمک کرده است که سازمان‌های تندرو، حکومتی از وحشت و ترور را در مناطق تحت کنترل خود در سوریه برقرار کرده و هرگونه فرایند معتبر و واقعی صلح را از بین ببرند.