گزارش‌های منتشره حاکی از آن است که ارتش مصر در ناپدید شدن، شکنجه و قتل صدها تن از معترضان در خلال انقلاب سال ۲۰۱۱ این کشور دخالت داشته است.
براساس بخشی از گزارش تیم منتخب محمد مرسی رئیس جمهور مصر، بیش از یک هزار نفر از جمله شماری از زندانیان در خلال انقلاب ۱۸ روزه این کشور که به سرنگونی رژیم حسنی مبارک انجامید، ناپدید شده‌اند. حسام بهجت مدیر ابتکار مصر برای حقوق شخصی گفت: «این بخش حوادثی جدید و کاملا آزار دهنده را روشن می‌کند که نشان دهنده نقض گسترده حقوق بشر از سوی ارتش مصر می‌باشد.» این گزارش که هنوز متن کامل آن منتشر نشده است، همچنین به دولت مصر پیشنهاد می‌کند تا درباره مقامات ارشد ارتش بررسی و تحقیق کند و مسئولان جنایت های دوران انقلاب علیه غیر نظامیان را مشخص کند. این گزارش می‌افزاید: «این کمیته پیشنهاد بررسی درباره رهبران نیروهای مسلح و فرمان ها و دستور العمل های صادره از سوی آنها برای افراد زیر دست شان که زندانیان را شکنجه کرده و موجب ناپدید شدن برخی از آنها شده، مطرح کرده است.» صدها نفر از کشته شدگانی که به سردخانه های مصر منتقل می‌شدند، علائمی‌ از جراحت و شکنجه بر تن داشتند که علت کشته شدن آنها بود. یافته های این گزارش با ادعاهای اولیه مقامات نظامی ‌مصر مبنی بر این که آنها در جریان انقلاب موضعی بی طرف داشتند، در تناقض می‌باشد. این گزارش همچنین خاطر نشان می‌کند که شمار نا معلومی ‌از معترضان در ایست های بازرسی مسیری در جنوب شهر قاهره پایتخت مصر ناپدید شده‌اند. این گزارش می‌افزاید: «این کمیته متوجه شده است که شماری از شهروندان در جریان بازداشت شان از سوی نیروهای مسلح کشته شده و در قبرهایی بی نام نشان دفن شده‌اند تا هویت آنها شناسایی نشود.» براساس قانون اساسی جدید مصر که از حمایت محمد مرسی برخوردار می‌باشد، ارتش این کشور تنها قدرت تحقیق و بررسی درباره مقامات خود را دارا می‌باشد. اگرچه به لحاظ قانون اساسی، تعقیب قانونی سربازان غیر ممکن می‌باشد. بسیاری از مردم مصر معتقدند که دولت جدید این کشور نتوانسته است وزارت خانه ای راه‌اندازی کند تا در یافتن ناپدید شدگان، به خانواده های آنان کمک کند و تقریبا پیدا کردن ردی از ناپدید شدگان، برای مردم مصر غیر ممکن شده است.